차례로 거대불명생물 '화위수(禍威獣)'[8] 가 나타나, 그 존재가 일상이 된 일본. 통상 병기는 전혀 통하지 않고, 한계를 맞은 일본 정부는, 화위수 대책 스페셜리스트들을 결집시켜, '화위수특설대책실' 통칭 '화특대(禍特対)'[9] 를 설립. 반장 타무라 키미오[10], 작전입안담당관 카미나가 신지[11], 비입자물리학자 타키 아키히사[12], 범용생물학자 후나베리 유미[13] 가 선발되어, 임무를 맡고 있었다. 화위수에 의한 위기가 임박한 와중, 대기권 밖에서 돌연 나타난 은빛의 거인. 화특대에, 거인 대책을 위해 분석관 아사미 히로코[14]가 새로 배속되어, 카미나가와 팀을 짜게 된다. 아사미가 쓴 보고서에 쓰인 것은...울트라맨(가칭), 정체불명.